مورخین درباره عاقبت کار جعفر بن علی دو نظر دارند. عده‌ای بر این باورند که وی تا پایان زندگی بر دعوی دروغین خود پای فشرد و همچنان خود را امام می‌دانست، اما برخی دیگر می‌گویند که وی از دعوی خود دست کشید و توبه کرد، و شیعیان نیز نامش را از جعفر کذّاب به جعفر تائب برگرداندند.
در روایتی از محمد بن عثمان عمری، نائب خاص امام زمان (ع)، آمده است که امام دوازدهم در توقیعی کار و راه جعفر را به کار برادران یوسف همانند کرده‌اند[1].
برخی این عبارت را تفسیر کرده‌اند به اینکه جعفر همچون برادران یوسف در نهایت توبه کرده است[2] و از این رو وی را توّاب لقب داده‌اند[3]؛
اما، به نظر می‌رسد مراد امام در توقیع مزبور، سابقه‌دار بودن گمراهی در فرزندان انبیا و اولیا بوده است.[4]
جعفر عمر کوتاهی داشت و سرانجام در سال 271 قمری در سامراء درگذشت.
پی نوشتها:
[1]. دایرة المعارف تشیع، ج 5؛ قاموس الرجال، ج 2؛ المعارف و المعاریف، ج 2؛ دایرة المعارف الشیعیة العامه، ج 7.
[2]. کمال‌الدین، ج ۱، ص۴۸۳-۴۸۴. رجال کشی ج ۱، ص۲۹۰. بحارالانوار ج۵۰، ص۲۲۷.
[3]. علی‌بن محمد العلوی، المجدی فی انساب‌الطالبیین ص۱۳۰.طبقات اعلام الشیعة قسم۲، ص۵۱۹.
[4]. الفصول العشرة فی‌الغیبة، ص۶۲. رجال کشی ج ۱، ص۱۰۷.