خیر، بیماری وگنر واگیر دار نیست.
علت دقیق این بیماری نامشخص است، اگرچه درگیری راه های هوایی فوقانی، ریه و سینوس ها با واسکولیت گرانولوماتوز دال بر یک واکنش مختل ایمنی سلولی به یک آنتی ژن بیرونی یا درونی است که از طریق راه های هوایی فوقانی وارد بدن می شود یا در آنها اقامت می گزیند.
گزارش شده است که حضور مزمن استافیلوکوک طلایی (استافیلوکوکوس اورئوس) در بینی با میزان بالاتری از عود واسکولیت وگنر همراه است؛ اما هیچ شواهدی از نقش این ارگانیسم در پاتوژنز بیماری در دست نیست.
سلول های تک هسته ای خون محیطی بیماران مبتلا به این بیماری در مقایسه با افراد طبیعی، میزان بیشتری از ترشح اینترفرون گاما را نشان می دهند. افزون بر این، تولید TNF – a از سلول های +T CD4 و سلول های تک هسته ای خون محیطی افزایش می یابد.
به علاوه، مونوسیت های بیماران مبتلا به گرانولوماتوز وگنر میزان بیشتری ۱۲-IL تولید می کنند. در درصد بالایی از بیماران مبتلا به گرانولوماتوز همراه با پلی آنژئیت (وگنر) ANCA ها پدیدار می شوند، و این آنتی بادی ها ممکن است در ایجاد بیماری نقش داشته باشند.